第一临床医学院前身是临床医学系，最早源于1934年江苏省立医政学院医科。随着学校由南京医学院改名为南京医科大学，1994年成立第一临床医学院，与第一附属医院实行“院院合一”的体制，与康复医学院、医学影像学院实行一体化管理。第一附属医院是是国家（江苏）紧急医学救援基地，入选国家首批“公立医院高质量发展医疗服务能力提升项目”基地单位、首批“疑难病症诊治能力提升工程项目”实施单位；是公立医院高质量发展省级试点医院、首批江苏省研究型医院、江苏省高水平医院建设单位，在国家三级公立医院绩效考核中获A++等级，在全国妇幼保健机构绩效监测中获A++等级。

现有8个学系、52个教研室，有临床医学和医学技术2个一级学科博士学位授权点，临床医学博士后科研流动站。第一附属医院有国家重点学科1个，国家临床重点专科18个以及建设单位7个；省临床医学研究中心5个，江苏高校优势学科1个，省“科教能力提升工程”医学创新中心7个、医学重点学科/实验室21个，省级专科（病）诊疗中心8个，省级临床重点专科36个，省级医疗质量控制中心16个。临床医学学科ESI（基本科学指标数据库）进入全球排名前1‰，位列国际排名第234位。

是江苏省临床医学研究院依托单位，有生殖医学与子代健康全国重点实验室、络病理论创新转化全国重点实验室（联合）2个，国家卫生健康委肝胆肿瘤重点实验室、中国医学科学院肝移植重点实验室1个，江苏省消化系统重大慢病重点实验室、江苏省脑机接口重点实验室（联合）2个，教育部工程研究中心1个，省级工程技术研究中心（产业技术工程化中心）8个。医院是国家药物临床试验机构、国家干细胞临床研究机构，承担注册类药物、医疗器械、体外诊断试剂临床试验等，目前备案药物临床试验专业41个、医疗器械临床试验专业49个。

现有中国工程院院士1人、中国工程院外籍院士1人、美国医学科学院国际院士1人，国家级高层次人才70余人次。有中华医学会等专科分会常务委员及以上26人，江苏省医学会各专科分会主委、副主委93人；省有突出贡献中青年专家31人，省“333”工程入选专家304人次，其他省级高层次人才189人次，目前在站博士后321人。

目前在籍本科生、研究生4500多人，开设临床医学和医学检验技术两个专业，临床医学先后被遴选为国家特色专业建设点、省高等学校临床医学类重点专业、江苏高校品牌专业建设项目，2019年获批国家级高校一流本科专业立项；医学检验是江苏省特色专业，2020年获批国家级高校一流本科专业立项。

是国家住院医师规范化培训示范基地和国家专科医师规范化培训基地，有5个专业获评“国家住培重点专业基地”；是国家临床教学培训示范中心、全国职工教育培训优秀示范点；外科培训基地及其4个术式课程通过英格兰皇家外科学院认证，医学模拟课程体系通过SimbeginTM国际课程发展中心认证。在临床技能大赛、创新创业等各类赛事中屡获佳绩，毕业生读研率达70%以上，就业率达96%以上，在各级医疗单位就业发展达94%以上。