第一临床医学院的前身是临床医学系。最早源于1934年江苏省立医政学院的医科。1958年1月，学校在附院试设临床部,后又改称医学系，1959年夏改称医疗系。1961年至1965年，学校党委曾将附院党总支和医疗系党总支合二为一，同时将附院办公室和医疗系办公室合并为医教办公室。1973年，医疗系又改称医学系。1979年，系部设在一附院。

　随着学校由南京医学院改名为南京医科大学，1994年成立第一临床医学院，与第一附属医院实行“院院合一”的体制，下辖院办、教务部、继续教育部。1996年护理系进入第一临床医学院。2002年学校实行学生两级管理后，研究生和七年制高年级学生由学生工作处划归第一临床医学院管理，成立第一临床医学院党委，并下设学院办公室、教务办公室、学生工作办公室。