内科学系前身为内科学教研室，创建于1936年。2003年11月正式下文成立内科学系，下设内科学和诊断学2个2级教研室，涵盖心血管病学、呼吸系病学、消化系病学、内分泌与代谢病学、肾病学、风湿病学、血液病学和传染病学8个3级教研室。现为国家重点学科培育点、省级优秀课程群单位、省精品课程单位。内科学系以临床医学五年制教育为基础，研究生教育为重点，为我国临床医学事业培养了众多医学专业人才，在国内医学教育界具有较高声誉。
内科学系现有工作人员220余名，其中正高职称61名，副高职称69名，中级职称57名，博士生导师39名，硕士生导师55名。近年来，内科学系平均每年基本发表SCI论文110余篇，中华及其他核心期刊200余篇；承担各类国家级课题二十几项，省级课题十几项；完成南京医科大学内科学和诊断学理论课4000余学时，完成各级各类学生技能培训40余次；招收博士和硕士研究生各百余名。
系副主任：仇红霞（教授 主任医师 博士生导师）
单其俊（教授 主任医师 博士生导师）
解卫平（教授 主任医师 博士生导师）